所有的洗涤剂中的表面活性剂都有一个共同的基本结构；分子的一端是由一个较长的碳氢链（烃链）组成的，它是疏水性的，能溶于油中、不溶于水中，称为疏水基或亲油基；分子的另一端是较短的极性，它能溶于水中，而不溶于油中，称为亲水基，基结构形状像一个火柴棍似的，洗涤剂中表面活性剂分子的这种特殊结构，使水表面张力降低。

水的分子在水中受到各方面的吸引力是相等的，但处在水表面的分子就不一样了，它受到的吸引力是不均衡的，这种不平衡的吸引力，有一种经水表面的分子向下拉的趋势，所以水的表面总有保持小的面积的趋向。如果在水中加入一些洗涤剂，因为极性的水对于洗涤剂中表面的活性剂分子的亲水基有吸引力，故亲水基可以溶于水中，但水对于表面活性剂的疏水基吸引力很小，疏水基力图将整个洗涤分子从水中拉出来，处于水表面上的表面活性剂分子，其亲水基就埋在水下，而疏水基则越出水面，这样一来，表面上的水分子就少了，它们被水中分子吸引的力也就低了，因此水的表面张力就大大降低。如一些要分泌到细胞外的蛋白，其信号肽（负责使蛋白通过细胞膜）就构成一个结构域。此外，还有与残基修饰有关的结构域、与酶原有关的结构域等。各结构域之间常常只有一段肽链相连，称为铰链区。铰链区柔性较强，使结构域之间容易发生相对运动，所以酶的活性中心常位于结构域之间。小蛋白多由一个结构域构成。

包括所有主链和侧链的结构。哺乳动物肌肉中的肌红蛋白整个分子由一条肽链盘绕成一个中空的球状结构，全链共有8段α螺旋，各段之间以无规卷曲相连。在α螺旋肽段间的空穴中有一个血红素基团。所有具有高度生物学活性的蛋白质几乎都是球状蛋白。三级结构是蛋白质发挥生物活性所必须的。在三级结构中，多肽链的盘曲折叠是由分子中各氨基酸残基的侧链相互作用来维持的。

反平行式更为稳定。丝心蛋白和多聚甘氨酸是反平行，拉伸α角蛋白形成的β角蛋白是平行式。反平行式的重复距离是7.0埃（两个残基），平行式是6.5埃。在丝心蛋白中，每隔一个氨基酸就是甘氨酸，所有在片层的一面都是氢原子；在另一面，侧链主要是甲基，因为除甘氨酸外，丙氨酸是主要成分。如果肽链中侧链过大。